Obvladovanje škodljivih organizmov temelji na kombinaciji biotičnih, obdelovalno gojitvenih, fizikalnih, biotehničnih in kemijskih načinov varstva rastlin, z namenom izboljšanja ekonomičnosti pridelave in zmanjševanja tveganj za zdravje ljudi, živali in okolja. Ti postopki so združeni v posrednih (preventivnih) in neposrednih (direktnih) ukrepih, ki jih izvajamo v okviru tehnologije pridelave gojenih rastlin.
Neposredni ukrepi so usmerjeni v zatiranje že navzočih škodljivih organizmov in zajemajo vse razpoložljive metode za preprečevanje njihovega razvoja s poudarkom na nekemičnih metodah varstva rastlin.
Posebno vlogo pri obvladovanju škodljivih organizmov imajo koristni organizmi, ki s svojim načinom življenja pripomorejo k uravnavanju populacije škodljivih organizmov jih lahko uporabljamo za namene biotičnega varstva rastlin.
Pri integriranem varstvu rastlin je uporaba fitofarmacevtskih sredstev predvidena kot skrajen ukrep za preprečevanje razvoja škodljivih organizmov in omejena le na raven, ki je nujno potrebna za zagotavljanje ustreznega zdravja rastlin.