Zdravje rastlin ogrožajo različni škodljivi organizmi, ki povzročajo bolezni na rastlinah (bakterije, glive in oomicete, virusi, viroidi in fitoplazme) ter škodljivci (žuželke, pršice in ogorčice).
Rast in razvoj gojenih rastlin omejujejo tudi pleveli, ki jim konkurirajo za vodo, hranila, svetlobo in prostor ter tako zmanjšujejo količino in kakovost pridelka.
Karantenski škodljivi organizmi in nadzorovani nekarantenski škodljivi organizmi sodijo v kategorijo t.i. nadzorovanih škodljivih organizmov za katere v EU veljajo posebni ukrepi za preprečevanje njihovega pojava in širjenja.