Za neposredno obvladovanje škodljivih organizmov se v IVR prvenstveno uporabljajo različne nekemične metode varstva rastlin, ki omejujejo populacije škodljivih organizmov pod pragom škodljivosti in imajo prednost pred kemičnim zatiranjem, oziroma pred uporabo FFS. Za te metode se uporablja tudi izraz metode varstva rastlin z nizkim tveganjem (MNT), mednje pa sodi nabor agroekosistemsko vzdržnejših in zdravstveno manj oporečnih metod ter ukrepov varstva pred škodljivimi organizmi, ki jih delimo na:
• fizikalne,
• biotehniške
• biotične
Več o nekemičnih metodah varstva rastlin lahko preberete v publikaciji Temeljna načela dobre kmetijske prakse varstva rastlin in rabe FFS. Primere praktične uporabe in rezultate preizkušanj različnih metod nekemičnega varstva rastlin pa najdete v poglavju s Strokovnimi priporočili in Rezultati raziskav.
Med nekemične metode varstva rastlin sodi tudi uporaba FFS z majhnim tveganjem t.j. FFS na osnovi: