Za neposredno obvladovanje škodljivih organizmov se v IVR prvenstveno uporabljajo različne nekemične metode varstva rastlin, ki omejujejo populacije škodljivih organizmov pod pragom škodljivosti in imajo prednost pred kemičnim zatiranjem, oziroma pred uporabo FFS. Za te metode se uporablja tudi izraz metode varstva rastlin z nizkim tveganjem (MNT), mednje pa sodi nabor agroekosistemsko vzdržnejših in zdravstveno manj oporečnih metod ter ukrepov varstva pred škodljivimi organizmi, ki jih delimo na:
• fizikalne,
• biotehniške
• biotične
Ko govorimo o nekemičnih metodah varstva rastlin, se najpogosteje osredotočamo na zatiranje plevelov, kjer ti pristopi predstavljajo pomembno alternativo uporabi kemičnih herbicidov. Nekemične metode varstva pred pleveli temeljijo predvsem na preventivnih, mehanskih in fizikalnih ukrepih, katerih cilj je zmanjševanje zapleveljenosti ter omejevanje konkurenčnega vpliva plevelov na gojene rastline.